JRでは工事期間中の湧水について、基本的には河川等の公共用水域への放流が考えられていますが、具体的な計画については、関係自治体等と協議の上、安全に放流できる計画となります。
構造物完成後のトンネル湧水は、高架橋の桁内に設ける管路にて天竜川付近まで流下させることが考えられており、流下にあたっては、管路の流量計算を実施し十分な安全を保った上で行われる予定です。